改製後，警務部總部由警務部總長直轄，管理機關設總長辦公室、警衛隊、副總長辦公室、資料室、機要室、人事科、財務科、裝備科，

而專業事務警務組每組設主管一員，具體有重案組、情報組、打擊非法組織及反間諜組、特彆行動組、要員保護組、後勤保障及警員福利組、快速反應組、保衛組、教導組、宣教組等等。

原警務部直屬監獄改製則改名為為懲教處，直屬警務部總長，由警務總長指派一名上忍擔任主官，其職務為懲教署處長，下設拘留所、刑事所、勞改所，各設所長一員，每所人員由專業行動組抽調人員組成。

另外，宇智波德光還以保障警務部人員身體健康的名義提議設立警務醫院，管理機關設警務醫療處長一員，主任醫師三員，分管急診科、救護科、療養科。

同時，之前還有些名不正言不順的警務部預備訓練學堂也以完善警務人員後備力量建設的名義改稱為警務預備學校，負責新入編之警務

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